肛瘘的病因，主要有以下几种：1、不良的习惯。过度饮食辛辣食物，作息不规律，以及长时间蹲厕等生活不良习惯，容易导致肛瘘形成。2、细菌感染。因为肛管直肠是排便的重要通道，遭到细菌侵略，引起感染，可以导致肛瘘的形成。3、直肠肛门的损伤。因为消化道的骨性异物、肛门窥镜查看等，损伤肛管直肠，致使细菌侵入创伤，引起肛周脓肿，恶性循环致使肛瘘形成。4、不及时医治肛周脓肿。肛周脓肿如果长时间不医治，会导致肛周脓肿破溃，脓液排出致肛瘘，从而出现经久不愈的窦道形成。