肛周脓肿最主要的治疗办法是进行手术切开引流，发生原因主要是由于肛窦炎症反复发作导致的。也有一部分病人是有基础疾病，包括糖尿病，很容易诱发局部软组织的感染。如果不注意肛周卫生，导致了肛门的软组织感染，也会继发肛周脓肿的发生。
住院治疗通常需要3-5天的时间，在局部麻醉下或者硬膜外麻醉下进行切开引流。手术当中要详细的找到内口，尤其是肛窦炎发作的部位，必要时进行切开挂线疗法，预防术后形成肛瘘。手术以后应该叮嘱患者多饮水，最好回避辛辣以及刺激性的食物，以容易消化的流食为主，包括新鲜的蔬菜和水果。在每次排便之后要及时进行清洗，预防创面感染，最好每天进行换药一次。