胆结石所谓的后遗症主要包括两大类，即脂肪泻、继发胆管结石。如果出现脂肪泻，通常无需特殊的药物治疗，而如果存在继发性胆管结石，通常需要再次手术治疗。在胆结石手术以后出现脂肪泻，主要因为胆汁酸的肝肠循环受到破坏影响而引起，在临床上无须药物治疗，经过3-6个月的适应期，通常可以自行缓解。
对于胆囊切除以后出现继发性胆管结石，胆囊切除以后胆管会代偿性扩张，如果肠液逆流入胆道，有可能继发细菌感染，甚至形成继发性胆管结石。对于继发性胆管需要通过手术治疗，包括胆管切开取石或者ERCP取石。