尿毒症晚期应当进行规律的肾脏替代治疗，患者可以选择进行血液透析、腹膜透析或者是肾移植治疗。同时患者还需要在医生指导下用一些纠正贫血、控制血压等药物进行治疗。
如果患者存在继发性甲状旁腺功能亢进症，必要时还需要应用骨化三醇冲击治疗。患者也可以选择在进行透析治疗一段时间后进行肾移植，肾移植是尿毒症患者最合理也是最有效的治疗方法。
但是目前由于肾移植肾供体的缺乏，肾移植无法发挥其应有的治疗作用。供体短缺已成为限制肾移植的一个瓶颈，因此绝大多数尿毒症患者需要长期维持性血液透析或者是腹膜透析治疗。