泌尿系统感染的用药有两个目的：
第一、清除下尿路浅表黏膜的感染；
第二、清除来自阴道以及下消化道的尿路病原体。
达到此目的，可以选用磺胺类的药物或者是喹诺酮类的药物的短程治疗。喹诺酮类和磺胺类的药物在阴道分泌物中的浓度很高，超过常见的大肠埃希菌和其他主要的尿感致病菌的药物浓度，同时这些抗生素的抗菌活性对那些能抵抗主要尿路病原体的厌氧菌以及微需氧菌影响很小，这些菌群能够保持完好。
所以，泌尿系统感染的首选药物就是喹诺酮类的药物和磺胺类药物，磺胺类药物主要是复方磺胺甲恶唑，喹诺酮类药物主要是环丙沙星、左氧氟沙星、洛美沙星或者是诺氟沙星。