服用丙戊酸钠的危害主要是丙戊酸钠的不良反应，丙戊酸钠最常见的不良反应是胃肠道反应，如厌食、恶心、呕吐，极少数的患者还会出现淋巴细胞增多、血小板减少、脱发、嗜睡、四肢乏力、共济失调。在老年患者会出现失眠的情况，少数的患者会出现肝脏的毒性，血清碱性磷酸酶升高、氨基转移酶升高，而且有报道会出现肝衰竭，多数死亡的病例发生于儿童。用药期间，要注意定期的检查肝功能，如果发现肝功能有变化，应当及时的停药处理。服用丙戊酸钠时会抑制苯妥英钠、苯巴比妥、扑米酮、氯硝西泮的代谢作用容易发生中毒。服药期间要避免饮酒，饮酒可以加重镇静作用，有可能会出现生命危险。