感染引起的某种严重疾病，可能会引起指甲发黑，比如心肌炎，某种心脏病或者是出血性疾病等都可以引起指甲发黑。有些人的指甲天生就发黑，这是由于遗传引起的。如果患者长期缺乏钙以及维生素A就可能导致指甲发黑，指甲受到外力的挤压，就可能导致指甲内部出血，淤血凝结在指甲内，也可能导致指甲发黑。
某些药物可能导致指甲的黑色素增加使得指甲发黑，外伤后接触黑色的染料等也可以导致指甲发黑。如果身体排出了以上的因素出现了指甲发黑，甲板显著增厚，表面出现高低不平，同时出现质地松脆，指甲下面经常出现角质蛋白以及碎屑沉积，有的时候还可能出现甲床与甲板分离这种情况，可能是患上了灰指甲，需要立即到医院请医生诊断治疗。