在临床上，乳腺纤维腺瘤最重要的治疗方案是进行彻底的手术切除，可以将肿瘤连同包膜进行切除，切除下来的组织必须常规地进行病理学检查，以便进一步明确切除下来的肿瘤组织是良性还是恶性。
乳腺纤维腺瘤虽然是良性肿瘤，但是仍然有恶变的可能，所以乳腺纤维腺瘤一旦发现，应该给予手术切除。乳腺纤维腺瘤的手术可以在局麻下进行，在手术之后病人需要进行定期复查，有极少数病人在手术之后可能会出现复发的现象。如果乳腺纤维腺瘤在手术的病理回报中显示有恶变的现象，应该按照乳腺癌的治疗原则进行处理。