宝宝晚上咳嗽厉害，最常见原因可以考虑支原体感染的可能。支原体感染后，不同的人症状表现可有不同，但典型的支原体感染时，会表现为初期阵发性剧咳，白天轻晚上重，尤其是在刚刚入睡后，或者后半夜凌晨时症状会比较明显。由于是感染性疾病，可以伴有发热，化验室检查可以有支原体阳性的依据。但部分患儿由于体质的原因，感染后机体免疫应答不及时，可以有支原体化验假阴性的表现，这时需要与另外一种容易在晚上，咳嗽厉害的疾病相鉴别，即过敏性咳嗽。
过敏性咳嗽，通常个人或家里直系亲属有鼻塞、流清鼻涕、打喷嚏等过敏性鼻炎的病史，或有湿疹、荨麻疹等皮肤过敏疾病史，或有哮喘等喘息性疾病史。过敏性咳嗽经系统抗感染治疗无效，可以做肺功能检查、NO呼出试验进行鉴别，必要时怀疑过敏性咳嗽，可以通过支气管舒张剂的诊断性治疗进行判断。