大脑发育迟缓多与遗传因素有关，80%-90%的大脑发育迟缓儿童属于家族性体质性发育延迟。这种情况会出现生长激素缺乏或者是甲状腺素缺乏、染色体异常、代谢性疾病而导致身材矮小，脑容量不能够正常发展。
而胎儿在母体内的脑部生长发育受到生长环境、营养情况因素影响。如果孕母在妊娠早期患有影响胎儿的疾病，可以导致胎儿出现生长发育畸形的情况。
儿童脑部损伤或者是神经损伤，有可能导致中枢神经系统发育迟缓，甚至发育不全。在更多的情况下，可能找不到明确的医学原因，解释脑部生长发育迟缓的问题。