支气管内膜结核的疗程在6-9个月左右，具体的根据患者的病情来决定。对于支气管内膜结核的治疗，除了常规的抗结核治疗以外，可以适当的雾化一些抗结核药物，必要的时候需要在支气管镜下进行相关的局部处理。大多数支气管内膜结核患者都合并有肺结核，需要进行共同的治疗。
在抗结核治疗的过程中，需要注意监测药物的不良反应，并且定期的复查支气管镜，以观察疗效。有一小部分患者在经过抗结核治疗以后，其支气管内膜仍是堵塞，有的时候需要做介入或放支架等相关的处理。