自然流产的原因非常多，包括胚胎本身的原因，母体的原因，父亲的原因和环境的因素。绝大多数是因为胚胎本身发育有问题，主要是胚胎染色体异常，以三倍体数目异常居多。另外，如果母亲患有严重的全身性疾病，比如严重的感染、高热性疾病、慢性消耗性疾病、慢性高血压、肝肾疾病等，也可以导致自然流产；如果子宫发育不良，如单角子宫、子宫纵膈、黏膜下子宫肌瘤、子宫腺肌瘤等等，也可以发生自然流产；女性内分泌功能异常，如黄体功能不全、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退，都可以导致自然流产；另外，在孕期如果过多的喝酒、抽烟，过度焦虑、恐惧，也会导致自然流产。父亲的精子发育有问题，也会导致自然流产。