骶管囊肿是常见椎管内的良性病变，多数情况下不需要手术，只有引起严重的骶尾部、下肢的或者肛门会阴区的疼痛、麻木、大小便功能的改变才考虑手术。骶管囊肿术后的后遗症与如下几个因素有关：
第一、手术以前的严重程度，如果术前已经有神经的症状，术后很难完全消失，但是可以减轻。
第二、术中囊肿和骶神经的关系，如果囊肿跟骶神经的关系越密切，手术对神经的干扰越多，术后可能会遗留永久性的神经功能障碍。
第三、术后有没有复发，如果囊肿复发也会出来新的症状，会误以为是手术的后遗症。
骶管囊肿手术以后发生后遗症的概率，总体讲比较低在5%左右。包括骶尾部和下肢的疼痛、麻木、行走困难、便秘、小便的潴留或者小便的失禁，还有极少数会发生性功能的障碍，特别严重的会出现截瘫。但是出现截瘫的比例不高，因为手术部位的位置非常低，已经在腰4、腰5神经以下，所以对肢体运动功能可能会有轻微的影响，但是影响不大。