CT和核磁共振是两种成像原理不同的检查方式，脑部CT主要是利用放射线对脑部进行断层成像，对密度的分辨率比较高，检查的优势在于颅内，可以解决大部分疾病的诊断，特别是对脑部外伤以及脑部出血性病变，有着独特的优势。
脑部核磁共振是另外加磁场对脑部进行检查，由于可以进行多平面的成像，所以能够比CT提供更多的疾病信息，尤其是对后颅窝和椎管内的病变显示更有优势，而且核磁还可以进行弥散成像、灌注成像、波谱分析等功能成像技术。