纳豆激酶是一种枯草杆菌蛋白激酶，是纳豆在发酵过程中由纳豆枯草杆菌产生的一种丝氨酸蛋白酶。经过近40年的验证，纳豆激酶在试管中和人工血栓起应，30分钟即可分解一半血栓，具有高效的分解血栓的作用。这是因为血栓的成分是纤维蛋白，而纳豆激酶是非常高效的纤维蛋白溶解酶。
但是，纳豆激酶肌其本身依然是酶，属于蛋白质，在pH值只有1-2的胃酸环境中，被消化液、糜蛋白酶、胰蛋白酶和小肠液等等分解成一个氨基酸，或者两个氨基酸、三个氨基酸的小片段，才能被肠道吸收进入血液。也就是说尽管纳豆激酶在体外有着很强的抗血栓作用，但是，如果是口服，其根本无法进入血液，其抗血栓的作用也就不能发挥。在利用血栓动物进行实验时，通过静脉注射纳豆激酶，能够明显的恢复由于血栓阻碍而引起的血流不畅。