新生儿长鹅口疮的原因主要与喂养卫生有关系，无论是母乳喂养还是人工喂养（奶瓶喂养），在正常的喂养过程中，都要做好手卫生以及奶具的消毒，母乳喂养之前也要进行乳头的清洁，如果说手卫生做得不好，可能就会发生真菌或者霉菌感染，导致新生儿发生鹅口疮。
新生儿发生鹅口疮后，除了口腔中可以看到白色的附着物之外，在吞咽的过程中可以将这些真菌或者霉菌吞咽到肠道引起肠炎，新生儿会发生腹泻或全身感染，所以预防新生儿鹅口疮最佳的方法就是注意奶具的卫生和手卫生。