部分沙眼衣原体感染的患者可以自愈，一般由沙眼衣原体引起的沙眼，患者有轻微的瘙痒或者有异物感，病情比较轻，有些患者可以自愈，但有些患者也可以转为慢性，导致病情反复发作。此外，沙眼衣原体引起的泌尿生殖道感染，有些患者会有尿频、尿急或者排尿困难，轻的患者症状可以缓解，但很容易转为慢性，反复发作。
所以，对于沙眼衣原体感染，通常如果患者病情不是非常轻，需要采用抗菌的药物治疗，否则容易转为慢性，导致病情迁延或者反复发作。一般治疗沙眼衣原体，通常采用红霉素类、四环素类、利福平或者喹诺酮类的药物来进行治疗，通常还需要疗程足够，否则过早停药也容易引起病情的反复。