一般环孢素眼药水可以治疗角膜炎，但是通常有一定的适应症，环孢素眼药水只适合治疗免疫因素所引起的角膜炎。通常免疫因素有很多种，比如免疫力低下引起的丝状角膜炎，或者免疫反应引起的角膜上皮、角膜基质床的浸润，都可以使用环孢素类的眼药水进行免疫抑制治疗。
在角膜上皮或者角膜上皮下基质层的沉淀就可以逐渐的自己吸收，相对有一定的治疗作用。但是环孢素眼药水不建议使用太长时间，只要有所好转就可以逐渐换用比较安全的药物进行治疗。