胃镜检查时进行病理活检有多方面的原因，如食管、胃、十二指肠的息肉、溃疡，以及不能区分的良恶性肿瘤、糜烂、炎症等多种因素。当病变的病因不明，一般会取病理活检，进一步明确诊断，有利于后续治疗。并不是所有的取活检都是因为癌症，需要有病理的诊断和证实排除癌症，防止误诊和漏诊。
当病理回示后，根据病因以及患者的症状、体征，选择日常生活调整、药物治疗、内镜下治疗、手术治疗、放疗、化疗等多种方式，可以制定更加精准的个体化方案，使患者早期脱离疾病的折磨，提高生活质量或者延长患者的生命。