确诊百日咳其实也是比较简单，百日咳是一个传染病，这是由百日咳杆菌引起的传染病，要有流行病学史的资料，比如有没有接触过百日咳的患者，当地有没有百日咳的流行，有没有接种过疫苗，这都是流行病学必须要有的资料。
还有就是临床表现，百日咳的咳嗽很有特征，它是阵发性、痉挛性的咳嗽，在吸气末会有回勾的声音，很典型。
还有就是实验室的检测，实验室的检测主要就是非特异性的，比如血常规里面白细胞增高、淋巴细胞增高，特异性的检测主要是分子生物学检测，比如用PCR的方法检测孩子咽部的分泌物，即检测百日咳杆菌的DNA，可以快速检测出，敏感而且特异性高，有诊断价值。
另外，还要排除其他疾病，比如由肺炎、支气管炎引起的咳嗽，或者有肺门淋巴结核，因为压迫支气管，也会引起痉挛性咳嗽，都可以通过胸片，以及通过结核菌素的试验进行排除，排除以后就可以明确诊断。