盐酸小檗碱有副作用，不过在医生的指导下合理使用，此药的不良反应比较少，上市后的不良反应报告显示患者大都耐受性良好，副作用较少。偶有患者服药后出现恶心、呕吐等胃肠道反应，以及皮疹和药热等过敏反应，停药后症状会消失。
饭后服药可以降低不良反应的发生率，对此药过敏者禁用。但过量服用会增加不良反应的发生频率和程度，会引起腹胀、腹痛，甚至会出现严重的腹泻，极个别患者会出现血管神经性水肿的改变。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用，不可以擅自更改用药的剂量和疗程。患有溶血性贫血的患者，以及葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏的患者禁用。