肾囊肿是否会引起腰疼，需要根据实际情况进行判断。应该仔细的辨别是囊肿本身造成的腰痛，还是因为伴有附近器官或者组织病变造成的腰疼。
如果囊肿在肾实质内，同时囊肿直径<5cm，一般不会引起腰疼。如果直径在<5cm时位于肾盂附近，造成肾脏出血、感染或者肾积水的存在，有可能引起腰痛。如果直径>5cm，不突出于肾实质表面时，一般也不可会引起腰疼。除非囊肿直径达到十几公分可能引起腰疼，特别是多囊肾造成的多发性囊肿，这种囊肿可以大小不一、多少不等，容易在皮肤表面摸及包块，从而引起腰痛。同时肾囊肿可以伴有腰部肌肉损伤，以及腰椎间盘突出或者腰椎骨质增生，可以伴有腰疼。
日常生活中若出现腰疼，建议及时到肾内科就诊，采取相应的检查措施，查明病因，进行相应治疗。同时避免剧烈的体育运动和腹部创伤，避免囊肿破裂，产生不适。