如果婴儿得了鹅口疮，主要进行局部药物治疗，也就是用2%或者4%的碳酸氢钠溶液进行漱口，或者用小棉球蘸上碳酸氢钠溶液，擦拭患儿的口腔黏膜，使口腔成为碱性的环境，可以阻止白色念珠菌的生长和繁殖。如果是轻症的患儿，一般不用其它药物，病变在2-3天内即可消失。
如果病变比较重，可以加用龙胆紫水溶液进行涂抹，可以抑制念珠菌的生长，也可以用0.2%或1%的氯己定凝胶进行局部涂抹或冲洗、含漱，也可以抑制念珠菌的感染。
另外应该避免产房的交叉感染，经常用温开水拭洗婴儿口腔，哺乳用具应该煮沸消毒，保持干燥。产妇的乳头在哺乳前最好用盐酸氯己定溶液清洗，再用冷开水拭净，再哺乳。