心内膜炎的治疗，首先就是使用抗生素，要进行血的细菌培养，并且使用敏感的抗生素。应用抗生素的原则应该是，选用杀菌剂，如青霉素、链霉素、头孢类等，万古霉素应该效果更好一些，并且使用的药物剂量要大，因为心内膜炎要达到一定的血药浓度才会效果更好，按体外杀菌浓度的4-8倍给患者使用药物，并且疗程一定要足够，一般情况下要6周以上。
对于有抗药性的患者，以及有并发症的、病情比较顽固的患者，还应延长更多的时间，应该在8周左右。如果确诊为心内膜炎，要尽早使用抗菌药物，以及进行血培养，发现敏感的抗菌药物来进行使用。