儿童口腔疱疹一般都是病毒感染，所以可以吃蒲地蓝蒲地蓝消炎片、板蓝根或者抗病毒的药物。最好到正规医院的口腔科或者大型医院的儿童口腔科就诊，由医生进行详细的临床检查，分析是哪一种病毒引起的口腔疱疹。
如果是由单纯疱疹病毒引起的单纯疱疹，最好服用阿昔洛韦或者在创面上外用阿昔洛韦软膏，因为阿昔洛韦对单纯疱疹更有效。如果是手足口病，是由柯萨奇病毒引起的，可以服用蒲地蓝蒲地蓝消炎片、板蓝根、抗病毒口服液、阿昔洛韦等等抗病毒的药物。
另外，除了应用药物以外，还应该增强身体的抵抗力，需要加强营养、卧床休息、多饮水，这样病毒会更容易被控制，感染也就被控制了。