颅底凹陷症是一种先天性的发育畸形，具体如何治疗，还是要看是否出现症状。如果没有什么症状表现，是不需要进行治疗的，平时继续观察就可以了。但是，有一些颅底凹陷症会导致出现小脑扁桃体下疝，压迫脑干可以导致脊髓空洞症等。如果有这些状况，就需要进行治疗。颅底凹陷症通过药物治疗和其他保守治疗方法是没有什么用的，这种情况只能通过手术处理。如果是小脑扁桃体下疝比较严重，需要将下疝的小脑扁桃体切除。另外，需要做后颅窝减压以及硬脑膜扩大修补，能够解除对于脑干的压迫、缓解症状，也能够使已经出现的脊髓空洞症减轻和恢复。