大部分的情况下的腘窝囊肿不需要特殊的治疗。因为腘窝囊肿大部分情况下主要就是由于膝关节腔内的积液，由于压力过高，而跑到膝关节后方而形成的囊性积液。首先要积极的注意休息，加强保暖，避免受凉，可以使用活血的中药进行热敷烫洗，尤其要注意避免长时间的站立行走、登高爬山，积极的减轻体重，避免过度负重。如果有一些膝关节的骨性关节炎症，需要积极的应用消炎镇痛药物西乐葆胶囊，营养关节软骨盐酸氨基葡萄糖，必要时可以向关节腔内注射玻璃酸钠注射液以及曲安奈德注射液。如果有膝关节的滑膜炎症，也要积极的注意休息，局部的疼痛的地方不要推拿按摩，局部可以使用氟比洛芬巴布膏，必要时可以穿刺，把里面的积液抽取出来，然后注射曲安奈德注射液。这种情况下，腘窝囊肿就会得到明显的减小。如果腘窝囊肿过于大，并且压迫了神经血管或者引起了疼痛的症状，是需要进行手术切除的。