骶管囊肿的手术风险主要是在于对神经的损伤，骶管囊肿特别容易损伤马尾神经，而一旦马尾神经损伤之后，会导致二便功能障碍，鞍区感觉异常，性功能也会出现异常。所以，骶管囊肿手术风险是相对比较大的，而且绝大多数的骶管囊肿不会单纯只是一个圆形囊肿，绝大多数都会将马尾神经包括在内，形成比较复杂的囊肿。再处理囊肿过程中，稍有不慎就会损伤到马尾神经，马尾神经分无数细丝，每一根都有其具体作用，一旦损伤这些肉眼都难以分辨的细丝，就容易导致以上所说的手术并发症。