婴儿细菌性肠炎由于年龄比较小、抵抗力低的特点，用药选择一般比较谨慎。多选择副作用小的药物，比如可以口服蒙脱石散、益生菌，目前多选择布拉氏酵母菌、双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌，头孢类抗生素可以选择三代头孢。