亚甲减通常可以通过药物治疗使病情得到临床缓解，但是亚甲减通常很难治愈。如果亚临床甲减是由桥本甲状腺炎等自身免疫性疾病导致，通常建议，如果在促甲状腺激素大于10IU/mL的情况下，可以使用左甲状腺素钠进行替代治疗。
如果患者有特殊情况，比如说甲状腺体积肿大、脂代谢紊乱以及下肢的浮肿，也可以治疗得更加积极，但是通常需要进行终身替代治疗。有少数疾病导致的亚甲减则可以出现自愈的倾向，比如亚急性甲状腺炎或者是产后甲状腺炎，这种情况下，患者可能会出现一过性的亚临床甲减状态，患者在通过病情的进展或者转归以后可以得到自愈，并不需要使用药物治疗。