晨尿中尿液有异味，最常见的原因是尿液在膀胱中存储一夜，尿液极度浓缩，其中分解产生少量的氨，而产生一种氨气的味道。如果多饮水后排尿气味消失，则属于正常的尿液浓缩所致。但当每次排尿都出现明显的异味时，则建议进行尿常规或者其他检查进一步的确诊。泌尿系感染或者化脓性感染，如化脓性肾盂肾炎等，则可致使尿液中有一股腐败的腥臭味，尿液检查可见大量的白细胞，抗感染治疗后异味才可以消失。
当有结肠手术的患者出现结肠瘘时，可出现尿液中有粪臭的味道。当进食特殊气味的食物，如大量的蒜、葱等食物时，排尿时也可有特殊的食物气味，但停止食用相关的食物时，排尿的异味也可消失。患有糖尿病的患者，出现酮症酸中毒或者患者过度饥饿，尿中酮体升高时，排尿时可以有苹果的香味。