枕大池蛛网膜囊肿的形成原因主要可以分为两大类，
一类是先天性原因，也叫原发性的蛛网膜囊肿。最主要是指胚胎时期，脑脊液积聚异常，加之各种原因造成的胚胎时期的蛛网膜下腔发育异常，从而形成局部引流不畅的囊袋，在渗透压梯度、单向活瓣性阻塞、囊壁分泌和血管脉冲等机制下，逐渐扩张形成的蛛网膜囊肿。
另外一种因素是后天性因素，包括产伤、出生后颅内出血、颅内感染或颅脑损伤等形成的蛛网膜局部粘连，使蛛网膜下腔和脑池发生明显阻塞，形成一个单向活瓣，造成脑脊液积聚形成的囊肿。