山萸肉具有补益肝肾，涩精固脱，止崩止带，收敛止汗，生津止渴的功效。在临床应用中，主要用于肾阴虚出现的涩精、腰膝酸软、阳痿遗精、遗尿、尿频、崩漏带下、内热消渴、妇女体质虚弱、月经过多以及大汗虚脱等表现症状，都可以同山萸肉进行调理和治疗。
对糖尿病以及阴液不足的表现症状都可进行滋阴补肾，进行调理和治疗有良好的作用和效果。另外山萸肉含有丰富的营养物质，对于患有高血压都明显的具有利尿和降压作用，对于亡阳欲脱的表现山萸肉配合附子、肉桂，也有良好的回阳救逆作用。
所以常用的六味地黄丸、右归丸等药物中都有山萸肉的成分，现在临床中对于脾肾虚寒症状以及男女不孕都有明显的治疗作用。