小肠坏死性结肠炎的治疗，包括内科治疗和外科治疗。内科治疗方面包括，禁止饮食、胃肠减压，采用青霉素类联合氨基糖苷类药物，也可以用万古霉素及第三代头孢菌素，进行抗炎治疗。如果怀疑有厌氧菌感染时，可以用甲硝唑。严重感染的时候，可以加重抗生素的剂量。对于出现腹水或者腹膜炎的患者，应该及时进行外科的干预，包括腹腔穿刺放液。如果对体重比较轻或者怀有肠穿孔的患者，可以采用腹腔引流结合内科治疗，也可以作为一种有效的临时措施。但是，注意如果引流液的颜色比较污浊，或者腹腔内出现脓肿，要及时的进行开腹手术，以免延误患者的病情。