临床上如果有长时间腹痛、腹泻、大便习惯，或性状改变等肠道疾病症状时，可以做小肠镜检查。其次如果病变做胃镜检查和结肠镜检查都没有发现问题的时候，但是又考虑消化道有问题，可能会进行小肠检查。
另外还有一些情况，比如不明原因的消化道症状或者消化道出血，做了很多检查都找不到原因。可以考虑做小肠镜检查，看是否是小肠的病变。
做小肠镜不像胃镜、肠镜那么简单，并且风险会更高一些。做小肠镜检查时需要在专业医生的指导下进行检查，配合医师的操作，这样有利于检查顺利完成。