一般来说，肛周脓肿最主要的症状就是疼痛，而且疼痛会非常剧烈，是逐渐加重的，很多患者因此会吃不下、睡不着。如果肛周脓肿自行破溃，疼痛可以暂时缓解。低位的脓肿，会出现肛门剧烈的疼痛，而且疼痛会持续不减。直肠周围脓肿（高位的脓肿），不一定会出现疼痛。因为直肠周围属于盆腔，这里的植物神经对普通刺激不敏感，主要表现局部坠胀和有大便的感觉。肛周脓肿的另一个典型症状就是发热，最高温度可以超过40℃，一般来说，脓腔越大、越深，患者出现发热的概率也就越大。部分患者还会出现大小便不畅、饮食不好、失眠。