肛周脓肿的治疗，一般选择手术疗法，手术时机越早越好。如果患者的身体条件不允许，可以暂时性的选择药物治疗。药物治疗主要是抗炎治疗，一般用广谱抗生素，对范围较大的脓肿，需要联合用药。常用的联合用药有：甲硝唑、卡那霉素、链霉素等。患者也可以涂外用药物，比方金黄膏、活血止痛散。手术治疗是本病的关键，根治性的手术一般直接切开，如果是马蹄形的手术，切开并且加以旷置，高位的脓肿最好行挂线术，高位脓肿还可以行等压引流术。由于切割挂线依然切断了肛管直肠环，痛苦比较大，创口比较深，为了进一步减少手术创伤，可以采取双向等压引流的手术治疗。术中采取半切开挂线，并且放置引流管，可以不切断肛管直肠环，从而使脓腔得到愈合。早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛周脓肿都可以获得痊愈。