牡蛎性味咸、涩，微寒。入肝、肾经。具有平肝潜阳，软坚散结，收敛固涩的作用。临床中常用于阴虚阳亢所致的烦躁不安，失眠多梦，头晕目眩，耳鸣、耳聋等症。可多与龙骨、珍珠母、白芍等药物配伍使用。也可以用于热邪伤阴，虚风内动。常与阿胶、龟板、鳖甲等益阴潜阳的药物配伍使用。
牡蛎还用于痰火郁结所致的瘰疬痰核，常与浙贝母、玄参等药物配伍使用。牡蛎还用于盗汗，遗精带下等。多与其他的药物配伍使用。如自汗、盗汗，常与黄芪配伍。另外，牡蛎还用于胃酸过多、胃溃疡等疾病的治疗。