皮脂腺囊肿的最常用根治方法就是手术切除。皮脂腺囊肿是体表的小肿物，手术简单，一般在门诊手术室既可以进行手术的时候，应当尽量完整地摘除皮脂腺囊肿的囊壁，不残留，否则极容易复发。由于皮脂腺多发生在面部，故手术的时候应该考虑到患者的美容效果，可以采取小切口切除面部皮脂腺囊肿，皮肤在无张力下缝合，可以避免切开瘢痕生长，以达到美容效果。手术前有感染或者手术后为控制感染，都要适当的使用一些抗生素类药物；已经合并感染的皮脂腺囊肿，应该在感染控制后再行手术切除病灶；对局部感染不能控制或者因已经合并脓肿的，应该及时进行切开引流。