三叉神经痛的原因主要是邻近的小动脉搏动骚扰刺激到三叉神经表面的痛觉神经纤维所引起的，这种三叉神经痛被称之为原发性三叉神经痛。因为三叉神经刚刚从脑干发出来的这一部分，还没有来得及形成神经鞘加以保护，容易受到附近脑干的小动脉搏动骚扰刺激。这些小动脉每次搏动的时候就会对三叉神经表面的痛觉神经纤维造成物理刺激，因而引起相应区域的三叉神经疼痛。另外一种三叉神经疼痛又称之为继发性三叉神经痛，主要是因为三叉神经走行区域内有相应的炎症，特别是有中颅窝的肿瘤，这些肿瘤压迫三叉神经，造成继发性三叉神经痛，在临床上相对比较少见一点。