扁桃体结石是由扁桃体上隐窝长期阻塞，致使分泌物引流受限引起。极少数的扁桃体结石会自行脱落，大多数患者还是需要通过外来器械，摘除结石。
如果张嘴就可以明显看到扁桃体结石，可以使用镊子夹取出来。用压舌板压于舌前2/3与舍后1/3交界处，充分暴露咽部，用刮匙直接取出。扁桃体结石还可以用激光祛除，但是激光疗法虽然有效，但无法预防结石再生。也可以用水或漱口水，消除扁桃体结石。还可以进行手术治疗，可以选择手术切除扁桃体来进行根治，防止复发。