溃疡性结肠炎的药物治疗主要包括三种：
第一、氨基水杨酸制剂，作用是抑制免疫反应，减轻炎症反应，主要是柳氮磺吡啶。但是这种药物均有一定的副作用，有些患者在应用之后会有明显的恶心、呕吐等胃肠道刺激症状，所以应该在餐后服用。有一部分人也会出现头痛，甚至粒细胞减少，所以应该定期复查血常规的变化。
第二、激素，有抑制免疫反应的作用，尤其对于急性期的患者。
第三、免疫抑制剂，如硫唑嘌呤。
因为溃疡性结肠炎主要发生于中青年人，所以也应该注意一般治疗，注意休息，调节饮食营养，急性期最好不要吃刺激性的食物，以容易消化的流食为主。必要时可以静脉补充液体，调整内环境的稳定，纠正离子紊乱和酸碱失衡。严重时也可以输血以及输注人血白蛋白。