女性甲亢患者可以怀孕，但孕前应该将抗甲状腺药物调整为丙硫氧嘧啶口服，并将甲状腺激素和促甲状腺激素水平控制在正常范围内。因为甲巯咪唑有导致胎儿畸形的作用，所以在妊娠早期抗甲状腺药物也首选为丙硫氧嘧啶；又因为丙硫氧嘧啶有导致急性重型肝炎的副作用，所以在妊娠中期、晚期和哺乳期首选甲巯咪唑。
在整个妊娠期间至少每月复查一次甲状腺激素和促甲状腺激素水平，以适时调整抗甲状腺药物的剂量，同时注意检查血白细胞和肝肾功能，注意密切观察患者的病情变化。