重症肌无力的治疗因人而异，总体来讲，目前比较新的疗法有免疫抑制剂他克莫司的应用，这是一种强效的免疫抑制剂，适用于不能耐受糖皮质激素和其他免疫抑制剂不良反应或对疗效差的重症肌无力患者。这个药物使用后，可以尽快减少糖皮质激素的用量，缺点是价格比较昂贵，可能会引起血压、血糖升高、肾功能损害等，要注意定时监测。
另一个比较新的疗法是抗人CD20单克隆抗体，特别适用于抗MUSK抗体阳性的患者，也适用于对传统药物治疗无效的患者。重症肌无力的常规药物治疗包括胆碱酯酶抑制剂、糖皮质激素、硫唑嘌呤等药物，如果病情重，需要静脉应用丙种球蛋白。如果合并胸腺瘤，要手术去除胸腺瘤。