扁平疣一般推荐局部外用具有角质剥脱作用或者细胞毒性作用的药物，这些药物均对正常的皮肤有一定的刺激性，故在使用时应该特别注意，仅涂于疣体上。常用的药物有0.5%-1%的鬼臼毒素酊，每日外用2次；或者5%的5-氟尿嘧啶软膏每日治疗，注意局部刺激作用；还有0.25%-0.05%的维a酸制剂，每天晚上睡前使用；或者3%的酞丁安软膏或者溶液，每日外用2-3次；咪喹莫特软膏隔日1次，2-3周为一个疗程。系统用药可以用干扰素100万单位肌内注射，每周3次，连续用3周。也可以服用调节免疫的口服药，比如胸腺肽、转移因子等。物理疗法包括液氮冷冻、激光等治疗，适用于疣体孤立、皮损数目较少的患者。