骶管囊肿绝大多数是先天性的，当然也有一小部分是后天获得性的，每一型的成因各有不同。一般来说，骶管囊肿可能是因为先天性的硬脊膜憩室或者硬脊膜缺陷，造成蛛网膜向外疝出，在脑脊液搏动性冲击下，逐渐形成囊性扩张，这是最常见的一种原因。除此之外，还有可能是神经根部形成的血肿，在血肿吸收过程中形成神经内膜和神经束膜之间潜在的扩张性的间隙，形成的囊肿。这是最常见的两个原因，当然还有一些骶管囊肿的病因不明。