抗幽门螺旋杆菌药物的副作用主要有以下几点：1、此类药物由于在空腹的时候服用，所以会直接损伤到胃肠道黏膜，而引起胃黏膜的充血、水肿，所以对胃黏膜有一定的刺激。2、这类药物由于通过肝脏的首过消除，会影响到肝功能的情况，肾功能不全、肝功能不全会出现加重的情况。3、此类抗生素需要口服2周的时间，容易导致菌群失调的可能性，所以需要监测大便的情况以及目前体质状态，然后再给予抗幽门螺旋杆菌药物治疗。总之，抗幽门螺旋杆菌药属于抗生素类的药物，需要观察体质的变化，观察2周之后再给予系统全面的治疗。