卵巢巧克力囊肿没有最佳的治疗方案，要根据患者的具体情况来选择个性化的治疗，对患者来说是最佳治疗方案就可以。如果患者没有生育要求，症状比较轻微时，可以选择不进行任何的治疗，观察就可以。如果症状比较严重，则根据患者的需求选择手术或者是药物性闭经。如果患者有生育要求，如果症状轻微时，可以选择尽快的自然受孕，同时使用促排卵药物或者监测排卵等。如果不能够自然受孕，在排除其他原因导致的不孕之后，需要选择手术切除病灶。切除病灶之后可以同时辅助药物治疗3个月，3个月之后可以自然受孕。如果半年以上或者1年左右不能正常怀孕，则建议患者放弃治疗，直接选择做辅助生殖技术。