卵巢巧克力囊肿有癌变的可能。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上而形成，对于卵巢的巧克力囊肿，恶变的可能性比较少见。临床上有一些情况，需要警惕卵巢巧克力囊肿恶变的可能：第一、卵巢巧克力囊肿的直径比较大，直径大于10cm，需要考虑有卵巢巧克力囊肿恶变的可能；第二、如果卵巢巧克力囊肿的病人，抽血检查CA125水平大于200U/mL，也有可能出现巧克力囊肿恶变的可能；第三、影像学检查提示有巧克力囊肿恶性的可能。以上三种情况有可能发生恶变，建议尽快、尽早的手术治疗。