由于正常人的咽部以及扁桃体隐窝内，会存留着大量的病原体，当机体免疫力正常或者是防御能力正常时，一般不会发病。当人体抵抗力降低以及受凉、过度劳累、潮湿、烟酒过度、上呼吸道感染以及有害气体刺激时，可以引起病原体大量的繁殖。病原体繁殖之后，会产生大量的毒素，毒素破坏扁桃体的隐窝上皮，细菌就会侵入扁桃体实质而发生炎症。如果扁桃体经常反复的发炎，即形成了慢性扁桃体炎，建议及时进行手术切除。